W grze Digimon Story: Cyber Sleuth mamy możliwość zebrania 200 Digimonów. Każdy z dostępnych stworków posiada unikalne dla siebie zdolności wykorzystywane, które ożemy efektywnie wykorzystywać w turowych bitwach, oraz tworzyć też potężne combosy poprzez łączenie ataków poszczególnych podopiecznych.
W trakcie rozgrywki odkrywamy masę zupełnie nowych Digimonów, trenujemy te które już posiadamy oraz odkrywamy ich nowe gatunki korzystając z systemu ewolucji. Grę można w jakimś stopniu porównać do takich produkcji jak Pokemon czy Persona.
Poza rozbudowanymi mechanikami rozgrywki, gra wygląda znakomicie dzięki stylizowanej na serialu animowanym grafice.