Pięć lat po próbie zamachu stanu prowadzonej przez Leosa Kleina rząd Ziemi usiłuje zrealizować jeden ze swoich pierwotnych celów, przenosząc ludzi z podziemnych miast na powierzchnię Ziemi. Plany te są beznadziejnie opóźnione, ponieważ rząd musiał przesunąć punkt ciężkości z przesiedleń na odbudowę wojskową. Konieczny ruch w oczach rządu, potrzebny do powstrzymania zarówno korporacji, jak i sytuacji na Marsie. Po stawieniu czoła różnym niepowodzeniom korporacje, które niegdyś panowały na Marsie, znajdują się w pozycjach o mniejszym wpływie. To nie pasuje do nich, a każdy z nich potajemnie odbudowuje swoje osobiste armie, aby stawić czoła rosnącej potędze rządu. Napięcia między korporacjami a rządem są w punkcie przełomowym. Z całym wysiłkiem rządu skoncentrowanym obecnie w innym miejscu, niechęć do instytucji ze strony ogółu ludzi jest najwyższa w historii. Zmęczeni zaniedbywaniem ludzie żyjący w podziemnych miastach wzięli sprawy w swoje ręce, a incydenty zbrojnego buntu są codziennością.
Warto również zauważyć, że po raz pierwszy w serii Armored Core obsługiwane są analogowe elementy sterujące. Podczas gdy Armored Core 2 korzystał z analogowych przycisków stick (L3 i R3) w DualShock 2 , sterowanie odtwarzaczem nadal opierało się na D-pad i innych przyciskach zmapowanych do kontroli widoku / ruchu. Jest to jednak ograniczone do używania lewego drążka analogowego do ruchu do przodu / do tyłu i obracania się podobnie jak D-pad. Rdzeń pancerny: Nexus stałby się pierwszą grą, w której w pełni wykorzystano elementy sterujące dual-stick zarówno do ruchu, jak i celowania, oferując go jako domyślny schemat.









