Kiedy matka Izaaka zaczyna słyszeć głos Boga, który domaga się złożenia ofiary, aby udowodnić swoją wiarę, Izaak ucieka do piwnicy, stawiając czoła obłąkanym wrogom, zagubionym braciom i siostrom, strachom i ostatecznie matce.
The Binding of Isaac to losowo generowana strzelanka RPG z ciężkimi elementami typu Rogue. Podążając za Izaakiem podczas swojej podróży, gracze znajdą dziwaczne skarby, które zmieniają postać Izaaka, nadając mu super ludzkie zdolności i pozwalając mu walczyć z tłumami tajemniczych stworzeń, odkrywać tajemnice i walczyć o bezpieczeństwo.