Shin Budokai posiada kilka wariantów rozgrywki. Jest to tryb fabularny, który bazuje na historii przedstawionej w filmie Dragon Ball Z: Fusion Reborn (narracja w nim jest nieliniowa, a od podjętych w kluczowych momentach decyzji zależy jej rozwój), Arcade, gdzie staczamy serię pojedynków próbując zebrać smocze kule, oraz Z Trial Mode. W nim do wyboru są dwie opcje – survival oraz time attack. Obie nie odbiegają od podobnych trybów z innych bijatyk.
System walki nie odbiega szczególnie od serii Budokai Tenkaichi. W Shin Budokai nie ma już jednak patentu z kapsułkami, które zwiększały potencjał bojowy postaci dostarczając im nowych zdolności. Teraz każdy zawodnik posiada własny zestaw ciosów, na który składają się również techniki specjalne oraz zaprogramowane combosy. Do tego dochodzą także transformacje, które zmieniają właściwości niektórych ciosów.
Nowością jest możliwość cancelowania niemal wszystkich ataków, co pozwala prowadzić bardziej płynne pojedynki, oraz tzw. Aura Burst. Jest to eksplozja energii, która spowija zawodnika. W takiej formie może on poruszać się szybciej i zadawać potężniejsze ciosy ogłuszające rywala, ale z drugiej strony aura zjada wskaźnik energii Ki, której brak w skrajnym przypadku jest w stanie na pewien czas zamroczyć podopiecznego.