Głównymi trybami gry są znany z poprzedniej odsłony Official Mode oraz nowy, Mission Mode.
W Official Mode ponownie wcielimy się w czterech grywalnych pilotów, aby za sterami ich maszyn wykonywać misje oparte o wydarzenia z serii telewizyjnych Mobile Suit Gundam, Mobile Suit Zeta Gundam i Mobile Suit Gundam ZZ oraz filmu kinowego Mobile Suit Gundam: Char’s Counter Attack.
Mission Mode jest z kolei zestawem niepowiązanych ze sobą misji, do których możemy podchodzić dowolnym pilotem kierującym dowolnym robotem. Poza głównymi misjami (Free Missions), polegającymi na przejmowaniu kolejnych stref na mapie i pokonaniu kierujących wrogimi oddziałami dowódców, będziemy mieli do czynienia z zadaniami zebrania odpowiednich części dla naszych maszyn (Collection Mission), podnoszeniu poziomu przyjaźni lub rywalizacji naszych pomocniczych pilotów (Friendship Mission) oraz odblokowaniu licencji pozwalających pilotować nowe maszyny (License Missions).
Amerykańskie i europejskie wydania gry zawierają także rozszerzony tryb Versus, w których dwóch graczy może zmierzyć się przeciw sobie lub wspomóc w wybranych misjach. Całości dopełnia Gallery Mode, będący przebudowaną galerią z pierwszej odsłony, zawierającą encyklopedyczne wpisy o poznanych postaciach, machinach bojowych i okrętach kosmicznych (japońska wersja ma także do odsłuchania zestaw motywów przewodnich z serii anime).
Nowością w serii są sekwencje QTE aktywowane podczas tzw. Dueli między postaciami, wygranie których przerywa atak drugiej postaci i ogłusza ją, dając nam parę sekund na przeprowadzenie ofensywy. Jako bossów możemy teraz napotkać Mobile Armory – gigantyczne roboty, podczas walk z którymi niszczyć musimy kolejne ich segmenty, aby ograniczyć ich potencjał bojowy (obniżona mobilność, niemożność używania głównego działa, wyłączenie niektórych ataków itp.). Wiele występujących, a niegrywalnych w poprzedniej odsłonie jednostek jest teraz do naszej dyspozycji.
W grze znajdziemy tym razem 75 Mobile Suitów, z czego zasiąść za sterami możemy w 66 z nich, co jest gigantycznym skokiem jakościowym w porównaniu z pierwszą częścią (19). Nowe roboty wywodzą się z dodanych serii Mobile Suit Gundam F91, Mobile Suit Victory Gundam i Mobile Suit Gundam SEED Destiny. Znany w poprzedniej części boss otrzymuje tutaj swoją drugą formę, Musha Gundam Mark II o nowym designie i tonacji.