Enemy Territory: Quake Wars to strzelanka, której akcja gry prowadzi nas do czasów, tuż przed wydarzeniami przedstawionymi w Quake 2.
Armia Stroggów ląduje na Ziemi i postanawia dokonać eksterminacji jej mieszkańców. W celu obrony przed najazdem zostaje wysłany specjalny oddział komandosów o nazwie Earth Defense Force. Zależnie od naszych predyspozycji można się wcielić w jedną, lub drugą stronę konfliktu. Zależnie od wybranej strony, otrzymamy różne rodzaje uzbrojenia, odmienne pojazdy naziemne, powietrzne itd.