Hej! Pikmin składa się z głównego bohatera, kapitana Olimara, który prowadzi grupę Pikminów przez poziomy 2D, zbierając przedmioty zawierające „sparklium”, główne źródło paliwa dla statku Olimara. W przeciwieństwie do innych gier z serii Pikmin, gracze nie wybierają tego, co Pikmin wprowadzi na poziomy. Zamiast tego gracze wchodzą na poziom i używają dowolnego Pikmina, który znajdą podczas eksploracji. Olimar jest w stanie pływać i używać plecaka odrzutowego, aby dotrzeć do nowych obszarów. Skrzydlaci Pikmin są w stanie nosić Olimar podczas lotu. Olimar nie jest w stanie atakować samodzielnie, zamiast tego polega na obronie Pikmina. Gdy gracze nadal zbierają więcej iskiernika, Olimar jest w stanie ulepszyć możliwości swojego skafandra kosmicznego, takie jak ilość paliwa, jaką ma plecak odrzutowy lub liczba trafień, jakie może on znieść.
Po wyczyszczeniu poziomu wszyscy rekrutowani Pikmin zostają zabrani do Pikmin Park, miejsca, gdzie Pikmin może zostać wysłany, by szukał więcej przedmiotów z sparklium. Znajdując kolorowe kulki, można zwiększyć ilość Pikmin w parku. Po wyczyszczeniu części Parku Pikmin, Pikmin otwiera kolejne sekcje do eksploracji. Gra jest kompatybilna z każdym Amiibo wydanym przed premierą gry, co zapewnia różnorodne bonusy w grze. Amiibo o tematyce Pikmin zostało również wydane podczas premiery.