Gra jest podzielona na dwie części: jedna przypomina grę RPG, zawierającą różne lokalizacje, które Endou i jego drużyna muszą zbadać, aby zdobyć nowe przedmioty,
zmierzyć się z kilkoma innymi graczami w krótkich, swobodnych bitwach lub przejść dalej w historii.
Większość celów tej części jest oznaczona wielką fioletową strzałką; druga część to mecz
za pomocą rysika gracz przesuwa drużynę piłkarską przeciwko innej drużynie. Gracz może unikać ataków przeciwnika,
przesuwać sprzęt, aby zabrać piłkę, lub użyć specjalnej umiejętności dostępnej dla rekrutowanych przez siebie postaci.
Wynik którejkolwiek z akcji jego gracza zależy od siedmiu umiejętności, koligacji gracza i całkowitej liczby graczy biorących udział w akcji.
Umiejętności specjalne można zatrzymać tylko za pomocą innych zdolności, co oznacza, że zawsze wygrywają z podstawową taktyką.
Strzelaj i łap hissatsu jednak graj jednocześnie, co oznacza, że w przeciwieństwie do obrony piłki,
zawsze zużywają pasek umiejętności i na początku są określane tylko przez koligację gracza.
Nowością w tej grze są Shoot Chain Hissatsu. Łańcuchy strzelania pozwalają graczowi z hissatsu spełniającym odpowiednie wymagania użyć a
aby zwiększyć moc innego strzału, stojąc przed piłką i używając własnego hissatsu. Nowością w Inazuma Eleven 3 są taktyki Hissatsu.
Taktyki Hissatsu to rodzaj zespołu hissatsu, który ma różne efekty. Wreszcie, wraz z The Ogre, wprowadzono turnieje.
To mała seria meczów, które odbywają się między zespołem fabularnym i różnymi innymi losowymi zespołami.









