Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm Generations po raz kolejny opiera się na dwóch głównych trybach. Z jednej strony mamy bijatykę, w której wcielamy się w najpopularniejsze postaci stworzone przez Masashi’ego Kishimoto. Wśród nich znaleźli się zarówno wojownicy grającymi pierwsze skrzypce w oryginalnym cyklu, jak i ci, którzy pojawili się dopiero w sadze Shippuden. Każdy ninja posiada odmienny styl walki oraz własną gamę ataków specjalnych. Najsilniejsze z nich mogą spowodować ogromne obrażenia u wroga lub przeobrazić naszą postać. Dzięki temu wojownik, którym sterujemy staje się znacznie potężniejszy.