Owlboy to przygodowa akcja oparta na fabule, z unikalną mieszanką lotnictwa i platformówki. Głównym bohaterem gry jest Otus, chłopiec-sowa. Gdy wioska, w której mieszka Otus zostaje napadnięta przez piratów, chłopiec okazuje się dla niej jedynym ratunkiem.
Nasz odważny protagonista wyrusza w niebezpieczną podróż, która zawiedzie go w wiele intrygujących miejsc. W czasie wędrówki Otus przemierzy mnóstwo niesamowitych krain i stoczy walki z coraz bardziej wymagającymi przeciwnikami.