Way of the Samurai 3 to trzecia część serii o tytułowych samurajach feudalnej Japonii.
Fabuła Way of the Samurai 3 przenosi nas po raz kolejny do Kraju Kwitnącej Wiśni. Targany jest on przez liczne konflikty, zwane dziś wojną domową. Nasz protegowany ląduje za ziemi klanu Fujimori w prowincji Gishu Amana, który toczą walkę z klanem Sakurai o tę właśnie ziemię. Do starcia włączają się również wojownicy z wioski Koshu. Tak więc mamy trzy strony konfliktu, a po środku tego wszystkiego jesteśmy my. Chwytamy za miecz i wybieramy jedną z frakcji, co później przekłada się na różne zakończenia, zależnie od podjętej decyzji.
Jako że Way of the Samurai 3 jest grą akcji, nastawioną na walkę, gracz otrzymuje szeroki arsenał wszelkiego rodzaju środków zagłady. Broni jest ogromna liczba, cały pakiet zamyka się bowiem w około setce. W jego skład wchodzą noże, miecze, topory i inne podobne narzędzia perswazji.