W Yakuza 6 Kazuma Kiryu dowie się dokładnie, ile ludzie są gotowi poświęcić dla rodziny. Po trzyletnim wyroku więzienia Kiryu dowiaduje się, że jego przyrodnia córka, Haruka, zaginęła w sierocińcu, którym się opiekuje. Szlak prowadzi go do Kamurocho, gdzie odkrywa, że została potrącona przez samochód, a teraz leży w śpiączce. Co gorsza, Kiryu dowiaduje się, że Haruka ma teraz syna, którym musi się opiekować. Z dzieckiem w ręku Kiryu podróżuje do nadmorskiej miejscowości Onomichi, Hiroszimy, aby odkryć prawdę o Haruce, jej synu i złowrogim sekrecie ukrytym przez yakuzę.
Od niezrównanego realizmu nowej scenerii Onomichi, pięknego, sennego miasteczka portowego w prefekturze Hiroshima, po najnowszą ewolucję Kamurocho, największej dzielnicy czerwonych latarni w Tokio, Yakuza 6 to najlepsza mieszanka gry kryminalnej , walki i rozrywki.